Проведен сравнительный анализ данных по фитопланктону р. Преголи, полученных в конце 1990-х и в 2000-х гг., а также малых рек ее бассейна. Выявлено большее влияние водных масс р. Анграпы на структуру фитопланктона р. Преголи по сравнению с р. Инструч. Сделано предположение о привнесении в р. Преголя и, далее, через р. Дейма в Куршский залив, цианобактерии Planktothrix agardhii из Мазурских озер Польши, где этот вид, начиная с 2000-х гг., входит в число доминантов летнего фитопланктона. Впервые получены сведения о структуре и количественном развитии фитопланктона притоков р. Преголи второго и третьего порядка.