Комплексные и специализированные океанологические исследования ведутся в 6 научных лабораториях при поддержке научно-вспомогательных подразделений. В отделении имеется отдел технического обслуживания глубоководных обитаемых аппаратов. В научных подразделениях Атлантического отделения на постоянной основе работает 62 научных сотрудника (из них 4 доктора и 36 кандидатов наук), включая инженеров-исследователей.
АО ИО РАН возглавляет директор Института океанологии по Атлантическому отделению к.г-м.н. В. В. Сивков, заместитель директора по научной работе - к.г.-м.н. Л. Д. Баширова, заместитель директора по общим вопросам - О. Е. Коробова, заместитель директора по административной работе - Г. М. Фартышева, ученый секретарь к.б.н. М. Ф. Маркиянова.
Структура АО ИО РАН включает шесть научных подразделений:
- Лаборатория прибрежных систем (зав. лаб. - к.ф-м.н. Б.В. Чубаренко)
- Лаборатория физики моря (зав. лаб. - д.ф.-м.н. И. П. Чубаренко)
- Лаборатория геологии Атлантики (зав. лаб. - к.г.-м.н. Л. Д. Баширова)
- Лаборатория геоэкологии (зав. лаб. - к.б.н. С. В. Александров)
- Лаборатория морской экологии (зав. лаб. - к.б.н. Ю. Ю. Полунина)
- Лаборатория прикладной океанологии (зав. лаб. - к.г.н. А. В. Крек)
а также:
- Бухгалтерия (гл. бухг. - С. В. Таланова)
- Планово-экономический отдел (нач. ПЭО - Л. В. Громцева)
- Отдел кадров (нач. отд. - Г. М. Фартышева)
- Контрактная служба (рук. - Е. А. Приходько)
- Главный юрисконсульт (Т. В. Зенкина)
- Отдел информационных технологий (нач. отд. - О. А. Бережинский)
- Хозяйственный отдел (нач. отд. - В. А. Наймушин)
- Экспедиционно-транспортный отдел (нач. отд. - А. Шадрин)
- Библиотека
