Коллектив лаборатории, созданной в 2015 г., ведёт активные исследования по двум направлениям: (1) перенос и накопление частиц микропластика в морской среде и (2) роль промежуточных слоёв в термохалинном конвейере Балтийского моря. Совместное использование экспедиционных измерений, мониторинговых наблюдений, данных дистанционного зондирования и реанализа, применение методов лабораторного эксперимента и численного моделирования позволяют коллективу проводить исследования на мировом уровне. Это подтверждается многочисленными публикациями в высокорейтинговых журналах, изданием монографии и участием коллектива в международных проектах.

Лаборатория образовалась в 1962 г., когда в Калининград приехали молодые геологи Инна Павловна Свиренко, Анатолий Васильевич Солдатов и Борис Александрович Кошелев. В апреле 1963 г. зту группу возглавил Емельян Михайлович Емельянов. В 1967 г. группа преобразована в лабораторию геологии Атлантики под руководством Е.М. Емельянова.

В 2021-2023 гг. лаборатория работает по общей для АО ИО РАН теме госзадания № FMWE-2021-0012 "Морские природные системы Балтийского моря и Атлантического океана: формирование природных комплексов Балтийского моря и их изменение под влиянием Атлантического океана и антропогенного воздействия", руководитель темы – В.В. Сивков) и FMWE-2021-0017 "Оценка современного состояния природных комплексов Атлантического сектора Южного океана и их разнопериодной изменчивости (экосистемы, биопродуктивность, гидрофизика, гидро- и геохимия)" (рук. Е.Г. Морозов).

В 2021-2023 гг. лаборатория работает по общей для АО ИО РАН темам госзадания № FMWE-2021-0012 "Морские природные системы Балтийского моря и Атлантического океана: формирование природных комплексов Балтийского моря и их изменение под влиянием Атлантического океана и антропогенного воздействия" (руководитель темы – к.г.-м.н. Сивков В.В.) и № FMWE-2021-0007 "Морские и океанские экосистемы в условиях меняющегося климата и антропогенного воздействия: структура и биологическая продуктивность экосистемы Арктического бассейна и морей России, экосистемы и потенциальные биологические ресурсы открытого океана" (руководитель темы д.б.н. Флинт М.В.).