Комплексные и специализированные океанологические исследования ведутся в 5 научных лабораториях при поддержке научно-вспомогательных подразделений. В отделении имеется отдел технического обслуживания глубоководных обитаемых аппаратов, научно-образовательный центр. В научных подразделениях Атлантического отделения на постоянной основе работает 59 научных сотрудников (из них 6 докторов и 24 кандидата наук), включая инженеров-исследователей.
АО ИО РАН возглавляет директор Института океанологии по Атлантическому отделению к.г-м.н. В.В. Сивков, заместитель директора по научной работе - к.г.-м.н. Л.Д. Баширова, заместитель директора по общим вопросам - О.Е. Коробова, ученый секретарь - к.г.н. Ж.И. Стонт.
Структура АО ИОРАН включает в себя пять научных подразделений:
- Лаборатория прибрежных систем (зав. лаб. - к.ф-м.н. Б.В. Чубаренко)
- Лаборатория физики моря (зав. лаб. - д.ф.-м.н. И.П. Чубаренко)
- Лаборатория геологии Атлантики (зав. лаб. - к.г.-м.н. Л.Д. Баширова)
- Лаборатория геоэкологии (зав. лаб. - к.г.н. М.О. Ульянова)
- Лаборатория морской экологии (зав. лаб. - к.б.н. Е.Е. Ежова)
а также:
- Бухгалтерия (гл. бухг. - С.В. Таланова)
- Планово-экономическая группа (гл. экон. - Л.В. Громцева)
- Отдел кадров (нач. отд. - Н.Е. Тараруева)
- Отдел информационных технологий (нач. отд. - О.А. Бережинский)
- Отдел акустических методов исследований океана (нач. отд. - Д.В. Дорохов)
- Хозяйственный отдел (нач. отд. - С.Н. Ченцов)
- Экспедиционно-транспортный отдел (нач. отд. - Ю.А. Александронец)
- Библиотека
- Научно-образовательный центр (руководитель НОЦ - А.Б. Деменина)
